GitHub beschrijft vier manieren om Copilot beter te laten aansluiten op de regels en werkwijzen van een softwareproject. Ontwikkelaars kunnen repositorybrede instructies vastleggen in .github/copilot-instructions.md en aanvullende, padgebonden instructies plaatsen in .github/instructions. Daarmee kan Copilot rekening houden met onder meer architectuurkeuzes, naamgevingsregels, scripts en testafspraken.
Daarnaast noemt GitHub agent skills voor terugkerende procedures, zoals testen, linten, releases en foutopsporing. Custom agents zijn bedoeld voor grotere, gespecialiseerde taken die meerdere bestanden of soorten context omvatten. MCP-servers kunnen Copilot verbinden met externe hulpmiddelen en databronnen, bijvoorbeeld documentatieservers of Playwright voor handmatige tests. GitHub adviseert om met één vaak herhaalde conventie te beginnen en bestaande voorbeelden uit Awesome Copilot aan te passen aan het eigen project.